ReoID

Phylogenetic sequence analysis and improved diagnostic assay systems for viruses of the family Reoviridae

 

Edited by Peter. P. C. Mertens and Houssam Attoui

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The available sequences of the family Reoviridae

Nick Knowles : Thessaloniki June 8 2001

 

The genera of the family Reoviridae

(number of genome segments)

Orthoreovirus (10)

Orbivirus (10)

Rotavirus (11)

Coltivirus (12)

Seadornavirus (12)

Aquareovirus (11)

Cypovirus (10)

Fijivirus (10)

Phytoreovirus (12)

Oryzavirus (10)

_____________________________________________

 

 

The following tables show (in red) where sequence data is available for different species within each genus

 

GENUS: ORTHOREOVIRUS

Species

L1

L2

L3

M1

M2

M3

S1

S2

S3

S4

Subgroup 1

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Mammalian orthoreovirus (MRV)

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Subgroup 2

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Avian orthoreovirus (ARV)

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Nelson Bay orthoreovirus (NBV)

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Subgroup 3

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Baboon orthoreovirus (BRV)

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Unassigned viruses in the genus

python orthoreovirus (PRV)

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

rattlesnake orthoreovirus (RRV)

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Ndelle virus (NDEV)

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

GENUS: ORBIVIRUS

Species

1

2

3

4

5

6

7

8

9

10

1 - African horse sickness virus (AHSV) (9 serotypes)

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

2 - Bluetongue virus (BTV) (24 serotypes)

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

3 - Changuinola virus (12 serotypes)

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

4 - Chenuda virus (CNUV) (7 serotypes)

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

5 - Chobar Gorge virus (CGV) (2 serotypes)

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

6 - Corriparta virus (CORV) (5 serotypes/strains)

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

7 - Epizootic hemorrhagic disease virus (EHDV) (8 serotypes)

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

EHDV-318 (serotype nk)

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

8 - Equine encephalosis virus (EEV) (7 serotypes)

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

9 - Eubenangee virus (EUBV) (4 serotypes)

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

10 - Ieri virus (IERIV) (3 serotypes)

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

11 - Great Island virus (GIV) (36 serotypes/isolates)

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

12 - Lebombo virus (LEBV) (1 serotype)

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

13 - Orungo virus (ORUV) (4 serotypes)

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

14 - Palyam virus (PALV) (11 serotypes)

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

15 - Umatilla virus (UMAV) (4 serotypes)

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

16 - Wad Medani virus (WMV) (2 serotypes)

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

17 - Wallal virus (WALV) (3 serotypes/strains)

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

18 - Warrego virus (WARV) (3 serotypes/strains)

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

19 - Wongorr virus (WGRV) (8 serotypes)

 

 

 

 

p

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

20 - Saint Croix river virus (SCRV)

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Tentative species and unassigned viruses within the genus

Andasibe virus (ANDV)

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Codajas virus (COV)

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Ife virus (IFEV)

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Itupiranga virus (ITUV)

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Japanaut virus (JAPV)

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Kammavanpettai virus (KMPV)

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Lake Clarendon virus (LCV)

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Matucare virus (MATV)

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Peruvian horse virus (PHV)

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Peruvian rodent virus (PRV)

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Tembe virus (TMEV)

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Tracambe virus (TRV)

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

GENUS: ROTAVIRUS

Species

1

2

3

4

5

6

7

8

9

10

11

Rotavirus A (RV-A)

                      

Rotavirus B (RV-B)

                      

Rotavirus C (RV-C)

                      

Rotavirus D (RV-D)

                      

Rotavirus E (RV-E)

                      

Rotavirus F (RV-F) (tentative species)

                      

Rotavirus G (RV-G) (tentative species)

                      

 

 

GENUS: COLTIVIRUS

Species

1

2

3

4

5

6

7

8

9

10

11

12

Colorado tick fever virus (CTFV) 

(2 serotypes)

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Eyach virus (EYAV)

 (1 serotype)

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

GENUS: SEADORNAVIRUS

Species

1

2

3

4

5

6

7

8

9

10

11

12

Banna virus (BAV)

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Kadipiro virus (KDV)

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Unassigned viruses within the genus

Chinese isolates that belong most probably to the Banna virus species based on serological and electrophoretic profiles analyses

BAV (China-HN59)

BAV (China-HN131)

BAV (China-HN191)

BAV (China-HN295)

GENUS: AQUAREOVIRUS

Species

1

2

3

4

5

6

7

8

9

10

11

Aquareovirus A (ARV-A)

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Aquareovirus B (ARV-B)

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Aquareovirus C (ARV-C)

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Aquareovirus D (ARV-D)

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Aquareovirus E (ARV-E)

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Aquareovirus F (ARV-F)

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Tentative species in the genus

Chub reovirus (CHRV)

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Grass carp reovirus (GCRV)

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Hard clam reovirus (HCRV)

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Landlocked salmon reovirus (LSRV)

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Tench reovirus (TNRV)

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

GENUS: CYPOVIRUS (10/11 segments)

Species

1

2

3

4

5

6

7

8

9

10

11

Cypovirus 1 (CPV-1)

                      

Cypovirus 2 (CPV-2)

                      

Cypovirus 3 (CPV-3)

                      

Cypovirus 4 (CPV-4)

                      

Cypovirus 5 (CPV-5)

                      

Cypovirus 6 (CPV-6)

                      

Cypovirus 7 (CPV-7)

                      

Cypovirus 8 (CPV-8)

                      

Cypovirus 9 (CPV-9)

                      

Cypovirus 10 (CPV-10)

                       

Cypovirus 11 (CPV-11)

                      

Cypovirus 12 (CPV-12)

                      

Cypovirus 13 (CPV-13)

                      

Cypovirus 14 (CPV-14)

                      

 

Tentative species in the genus

Heliothis armigera cypovirus (>B= strain) (HaCPV-B)

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Choristoneura fumiferana cypovirus (CfCPV)

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Trichoplusia ni cytoplasmic polyhedrosis virus (CPV-5?)

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

GENUS: FIJIVIRUS

Species

1

2

3

4

5

6

7

8

9

10

Fijivirus group 1

Fiji disease virus (FDV)

 

                  

Fijivirus group 2

Rice black streaked dwarf virus (RBSDV)

                     

Maize rough dwarf virus (MRDV)

                    

Mal de Rio Cuarto virus (MRCV)

                    

Pangola stunt virus (PaSV)

                    

Fijivirus group 3

Oat sterile dwarf virus (OSDV)

                    

Fijivirus group 4

Garlic dwarf virus (GDV)

                    

Fijivirus group 5

Nilaparvata lugens reovirus (NLRV)

                    

 

GENUS: PHYTOREOVIRUS

Species

1

2

3

4

5

6

7

8

9

10

11

12

Rice dwarf virus (RDV)

                        

Rice gall dwarf virus (RGDV)

                        

Wound tumor virus (WTV)

                        

Tentative species in the genus

Tobacco leaf enation phytoreovirus (TLEP)

 

 

 

    

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

GENUS: ORYZAVIRUS

Species

1

2

3

4

5

6

7

8

9

10

Echinochloa ragged stunt virus (ERSV)

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Rice ragged stunt virus (RRSV)

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

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